KR-Audit-Checklist - Swanson Reed | Specialist R&D Tax Advisors

섹션 1: 프로젝트 적격성 (Project Eligibility)

1. 수행하신 R&D 프로젝트의 주요 목적은 무엇이었습니까?

과학적 또는 기술적 불확실성을 해소하고 기술을 진전시키기 위해. 업계에 이미 알려진 표준 방식에 따라 기존 제품이나 공정을 단순히 변형하기 위해. 시장 조사, 디자인 개선, 판촉 또는 일반적인 비즈니스 프로세스 개발을 위해.

2. 동종 업계의 전문가가 공지된 기술을 바탕으로 귀사 프로젝트의 기술적 목표를 쉽게 달성할 수 있었습니까?

아니요, 해당 솔루션은 일반적인 지식으로는 쉽게 연역하거나 달성할 수 없었습니다. 아마도요, 기본적인 연구와 이미 알려진 원리를 응용하면 충분히 가능했을 것입니다. 예, 일상적이고 매우 단순한 엔지니어링 또는 소프트웨어 개발 작업이었습니다.

3. 프로젝트팀은 문제를 해결하기 위해 체계적인 연구개발 프로세스를 따랐습니까?

예, 가설을 세우고, 프로토타입/모델링을 통해 테스트하고, 결과를 분석하는 체계적인 접근 방식을 사용했습니다. 현장에서 비공식적인 시행착오를 겪었지만, 이 과정을 공식적으로 문서화하지는 않았습니다. 아니요, 처음부터 명확한 계획에 따라 별도의 실험 없이 최종 버전을 바로 구축했습니다.

섹션 2: 적격 비용 및 연구조직 요건 (Expenditure & Organization Qualification)

4. 한국산업기술진흥협회(KOITA)로부터 인정받은 '기업부설연구소' 또는 '연구개발전담부서'를 보유하고 있습니까?

예, 적법하게 설립 및 인정받았으며, 변경 신고 등 사후 관리를 철저히 하고 있습니다. 연구소는 있지만 실제 운영과 신고 내역(연구원 변경, 면적 변경 등)이 불일치하거나 관리가 미흡합니다. 아니요, 공식적으로 인정받은 연구부서 없이 사내에서 비공식적으로 개발을 진행했습니다.

5. 세액공제를 신청한 연구원의 인건비는 어떻게 산정되었습니까?

법에 따라 일반 업무(영업, 생산 등)를 겸직하지 않고 100% 연구개발만 전담하는 '연구전담요원'의 인건비만 청구했습니다. 연구개발도 하지만 간혹 영업이나 생산 업무를 지원하는 직원의 인건비를 일부 포함했습니다. 전담 여부와 관계없이 대표이사나 경영진, 전체 개발팀의 급여를 임의의 비율로 계산하여 청구했습니다.

6. 인건비 외에 어떤 재료비나 비용을 청구하셨습니까?

조세특례제한법에서 인정하는 연구개발용 전용 시약·시료, 부품 등 실험 과정에서 전액 소비된 비용만 청구했습니다. 연구소의 일반 사무용품비, 출장비, 또는 범용성 소프트웨어 구입비 등을 포함했습니다. 최종적으로 고객에게 상업적으로 판매된 제품이나 시제품에 투입된 원재료비까지 모두 청구했습니다.

섹션 3: 증빙 자료 및 기록 관리 (Record Keeping)

7. 조세특례제한법상 요구되는 '연구개발계획서, 연구보고서, 연구노트' 등의 의무를 준수하셨습니까?

예, 세법에 규정된 양식에 따라 초기 불확실성과 연구 내역을 상세히 기술한 문서를 작성하여 5년간 보관하고 있습니다. 내부에 회의록이나 이메일 등은 있지만, 국세청에서 요구하는 법정 양식과 필수 기재사항을 충족하지 못할 수 있습니다. 그러한 법적 문서 작성 의무가 있는지 몰랐으며, 체계적으로 정리된 서류가 거의 없습니다.

8. 청구된 R&D 비용과 실제 지출 내역을 명확하게 연결할 수 있습니까?

예, 회계 시스템에 연구소 비용 계정이 별도로 구분되어 있으며, 원천징수이행상황신고서 및 세금계산서 등으로 즉시 증빙 가능합니다. 재무 자료가 분산되어 있어, 세무조사 시 증빙을 찾고 맞추기 위해 상당한 수작업이 필요합니다. 아니요, R&D 비용이 회사의 일반 운영비(판관비, 제조원가 등)와 명확한 구분 없이 혼재되어 있습니다.

9. 세무조사 시 국세청 조사관에게 프로젝트의 기술적 난제를 설명해 줄 책임자가 있습니까?

예, 관련 분야의 학위나 경력을 갖춘 기술 책임자가 있으며, 조사관에게 기술적 진전과 어려움을 명확히 설명할 수 있습니다. 프로젝트 관리는 했지만, 심층적인 기술적 질문에는 답변하기 어려운 일반 관리자가 담당했습니다. 당시 개발 인력이 퇴사하여 내용을 설명할 지정된 책임자가 현재 사내에 없습니다.

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낮은 위험 (0-10점): 매우 우수함

귀하의 점수는 점입니다. 귀하의 답변은 국내 조세특례제한법 요건에 부합하는 매우 탄탄한 R&D 세액공제 프로세스를 갖추고 있음을 보여줍니다. 기업부설연구소 관리, 비용 추적, 그리고 증빙 문서화가 국세청 세무조사 기준에 잘 부합합니다.

다음 단계: 현재의 훌륭한 기록 관리 관행을 지속하십시오. 작성해 두신 연구개발보고서가 초기 기술적 불확실성부터 최종 결론까지의 스토리를 명확하게 전달하고 있는지 정기적으로 점검하시기 바랍니다.

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중간 위험 (11-25점): 주의 요망

귀하의 점수는 점입니다. 세액공제 청구 자체는 유효할 수 있으나, 국세청 조사관이 이의를 제기할 수 있는 잠재적 약점(특히 인건비 전담 요건이나 법정 문서 구비 등)이 존재합니다. 조사관으로부터 구체적인 소명 자료를 요구받을 수 있습니다.

다음 단계: 법정 증빙 문서(연구계획서/보고서 등)를 보완하는 데 집중하십시오. 연구전담요원의 겸직 여부, 적격 재료비의 분류가 올바른지 회계 장부를 검토하시기 바랍니다. 리스크를 줄이기 위해 전문가의 사전 검토를 받는 것을 권장합니다.

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높은 위험 (26점 이상): 긴급 조치 필요

귀하의 점수는 점입니다. 답변에 따르면 세액공제 청구가 부인(추징)될 위험이 매우 높습니다. 기업부설연구소 적격성, 비전담 인력의 인건비 청구, 상용 제품의 재료비 포함, 또는 증빙 자료 누락 등 조세특례제한법상 중대한 위반 소지가 보입니다. 이대로 진행 시 높은 가산세를 포함한 강도 높은 세무조사의 대상이 될 수 있습니다.

다음 단계: 근본적인 점검 없이 국세청에 세액공제를 신청하거나 경정청구를 진행하지 마십시오. 귀하의 프로젝트와 비용이 적격 요건을 충족하는지 즉시 전문적인 자문이 필요합니다. Swanson Reed의 R&D 전문 컨설턴트에게 문의하여 긴급 진단을 받아보시기를 강력히 권장합니다.

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R&D 세액공제 세무조사 대비 자가진단 도구

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